微生物菌肥在花卉肥料中的應用效果好，見效快，是一種十分適合土培花卉植株使用的肥料。而這些功效主要來源于其中大量的活性微生物有益菌，這些活菌會在施用到土壤，并且澆水后開始進行快速的生長、繁殖以及代謝，而正是這些過程中所分泌的生長調節類物質、營養物質以及抑菌物質等，以及釋放出的被土壤長期固定住的磷、鉀等元素。這些物質不僅可以為植株的生長提供大量充足的養分，而且還可以明顯改善植株抗旱、抗倒伏等抗性，提高了植株的成活率。

     微生物菌肥是一種在農業在施用的，可以改善耕地質量、減少土壤板結、促進作物生長、提高作物產量以及品質等的生物制劑，具有安全、效率高、環保性強的特點，由于菌劑的強大功效，也正在逐漸應用于花卉肥料中。

     這些菌在土壤中還可以在植株的根部周圍形成一個生物屏障，這個由大量微生物形成的屏障不僅可以有效抵抗土傳病害的侵襲，而且菌在繁殖、代謝等過程會侵占有害菌的生存空間以及營養等，還可以分泌出抑菌物質來抑制有害菌的繁殖，明顯減少土壤中有害菌的數量，改善土壤微生物環境。